院系:生物信息學/計算機基礎

linux操作與生物信息

伺服器連接與管理軟體

MobaXterm：用於Windows的增強型終端，具有X11伺服器、標籤式SSH客戶端、網絡工具等功能。

https://mobaxterm.mobatek.net/

https://www.xshell.com/zh/

Linux綜合學習資源

Linux知識點思維導圖：https://woaielf.github.io/2017/09/15/linux-core/

Linux Documentation Project Guides：https://tldp.org/guides.html

linux命令和bash編程

Linux命令大全(手冊)：https://www.linuxcool.com/

Unix/Linux Command Cheat Sheet：https://fosswire.com/post/2007/08/unixlinux-command-cheat-sheet/

The Essential Cheat Sheet for Linux Admins：https://www.loggly.com/blog/the-essential-cheat-sheet-for-linux-admins/

linux shell學習資源：https://github.com/huzhifeng/LearnX/blob/master/shell/shell.md

高級Bash腳本編程指南：https://linuxstory.gitbook.io/advanced-bash-scripting-guide-in-chinese/

Bash 新手指南：https://github.com/lizhenghn123/StudyBooks/blob/master/Linux/Bash%20%E6%96%B0%E6%89%8B%E6%8C%87%E5%8D%97%20.pdf

三駕馬車：AWK，grep和sed

AWK 程序設計語言：https://github.com/wuzhouhui/awk

• AWK程式語言：https://archive.org/download/pdfy-MgN0H1joIoDVoIC7/The_AWK_Programming_Language.pdf
• https://github.com/M-Mono/The-AWK-Programming-Language

Sed _ awk 101 Hacks：https://github.com/devops007/Sed-and-Awk-101-Hacks

• https://github.com/anzhihe/learning/blob/master/shell/book/Sed-and-Awk-101-Hacks.pdf
• https://jimmysong.io/linux-practice/books/sed_and_awk_101_hacks_chinese_edition.pdf

Linux管理員/運維學習資源

Linux 設備驅動：https://lwn.net/Kernel/LDD3/

• 英文版pdf
• 中文版pdf

Perl語言在生物信息學的應用

perl語言書籍

• learning perl, 8th edition/perl語言入門
• Intermediate Perl, 2nd Edition
• mastering perl 2nd edition
• modern perl：http://modernperlbooks.com/books/modern_perl_2016/index.html
• Perl One-Liners: 130 programs that get things done 2014
• Perl one-liners cookbook 2021
• Think Perl 6 how to think like a computerscientist 2017

perl語言在線文檔

• perl官網資源：https://learn.perl.org/
• perl在線教程-runoob：https://www.runoob.com/perl/perl-tutorial.html

perl在線課程/課件

• Unix & Perl Primer for Biologists：http://korflab.ucdavis.edu/unix_and_Perl/
• 明尼蘇達大學2011年perl課程：https://msi.umn.edu/~blynch/tutorial/perl.pdf
• 薛宇生信課程（部分perl程序）：http://xue.biocuckoo.org/course/

R語言在生物信息學的應用

生信分析相關的R包

reshape：長短數據轉換

reshape：http://had.co.nz/reshape/

https://cran.r-project.org/web/packages/reshape2/index.html

ggvis可視化：https://ggvis.rstudio.com/

shiny類

shiny的UI進階設計：https://unleash-shiny.rinterface.com/

shiny和SQL資料庫：https://bookdown.org/msharkey3434/ShinyDB_Book/

R, plotly, shinyR, plotly和shiny：https://plotly-r.com/

R語言相關書籍/資料

數據分析殘卷：https://bookdown.org/yufree/datadown/

bookdown：https://bookdown.org/

http://cran.r-project.org/doc/contrib/Short-refcard.pdf

RStudio Cheatsheets：https://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/

R函數在線參考文檔：https://rdrr.io/

• Statistical tools for high-throughput data analysis：http://www.sthda.com/english/

• R語言與統計生物信息學：
  • https://play.google.com/store/books/details/Sunil_K_Mathur_Statistical_Bioinformatics_with_R?id=wbJo7L_8CQQC
  • https://www.elsevier.com/books/statistical-bioinformatics-with-r/mathur/978-0-12-375104-1
• R Bioinformatics Cookbook，使用 R 和 Bioconductor 執行 RNAseq、基因組學、數據可視化和生物信息學分析：https://www.packtpub.com/product/r-bioinformatics-cookbook/9781789950694

R語言免費視頻課程

Bioconductor

• Bioconductor課程：http://www.bioconductor.org/help/course-materials/
• 斯坦福的Bioconductor課程：https://web.stanford.edu/class/bios221/about.html
• Biostars的R專題：https://www.biostars.org/t/R/

• R編程：https://www.youtube.com/c/RProgrammingDDS
• 【生信技能樹】生信人應該這樣學R語言：https://www.bilibili.com/video/av25643438
• 【生信技能樹】公共資料庫挖掘實例（基於R語言）：https://www.bilibili.com/video/av37568990
• R語言入門生信應用基礎課程：https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1209044861
• R語言入門數據分析：https://ke.qq.com/course/366588
• 生物信息學入門基礎講座的R部分：https://ke.qq.com/course/270841
• PlottinginRforBiologists：https://marianattestad.com/blog

R語言在線資料

• 生信菜鳥團R主題：http://www.bio-info-trainee.com/tag/r
• Biocondctor中文：http://www.biotrainee.com/forum-148-1.html
• R 的shiny交互網頁：http://www.biotrainee.com/forum-149-1.html
• 生信技能樹論壇：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=39&filter=typeid&typeid=22

Python語言在生物信息學的應用

python教學視頻/課件

• python Bioinformatics Project：https://www.youtube.com/playlist?list=PLtqF5YXg7GLlQJUv9XJ3RWdd5VYGwBHrP
  • https://data-professor.medium.com/
  • https://github.com/dataprofessor/
• Python for Bioinformatics - Drug Discovery Using Machine Learning and Data Analysis：https://www.youtube.com/watch?v=jBlTQjcKuaY
• 莫煩Python：https://mofanpy.com/
  • https://www.youtube.com/c/%E5%91%A8%E8%8E%AB%E7%83%A6
• Tiny Python Projects：https://www.youtube.com/user/kyclark/
• Python Dash（plotly，Cytoscape）：https://www.youtube.com/c/CharmingData/

python生信相關書籍/教材

Python官方文檔中文：https://docs.python.org/zh-cn/3/library/2to3.html

python2到3轉換：https://python2to3.com/

• pandas學習書籍：https://pandas.pydata.org/
• python與生物信息：https://yangming6863.gitbook.io/python-bioinformatics/

Python時間序列

Python分析時間序列：https://www.youtube.com/playlist?list=PLPoT1dtYIkTV8SiV-1Qxt8Di2x5Cf3cCg

python IDE

PyCharm：https://www.jetbrains.com/pycharm/

Anaconda：https://www.anaconda.com/products/individual

Miniconda：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

jupyter Notebook：https://jupyter.org/

• https://jupyter.org/try

python擴展包

Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke：https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

The Python Package Index (PyPI)：https://pypi.org/

anaconda擴展包：https://anaconda.org/anaconda/python

清華鏡像源：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/pypi/