2024年6月26日起
- 普悠玛号：皆不停靠
- 自强号
- 北上（顺行）停靠：272次
- 南下（逆行）停靠：177次
- 莒光号：除510、516次不停靠外，其余列车皆停靠。
- 区间快车：除2015、2036次不停靠外，其余列车皆停靠，部分班次为起点站。
- 区间车：皆停靠，部分班次为起点站。
作为湖口当地的主要交通转运点，新竹客运在湖口车站门口的中山路与中正路交叉口两旁设置有命名为“湖口车站”的路线公车站牌。自此站发车或途经的路线包括[1]：
- 5607 湖口－杨梅（经三元宫、二湖）
- 5624 湖口－中坜（经杨梅）
- 5611 湖口－新庄子（经后湖）
- 5612 湖口－新竹（经凤山村 、荣民所、新竹工业区）
- 5613 湖口－荣民所（经凤山村）
- 5622 湖口－新竹（经陆桥、新丰）
- 5643 湖口－新埔（经窝尾、旧湖口）
