- 普悠玛号
- 北上（顺行）停靠：288次
- 南下（逆行）停靠：271次
- 新自强号
- 北上（顺行）停靠：472、280、108、168次
- 南下（逆行）停靠：161、117、477、283次
- 自强号、区间快车、区间车：皆停靠
部分北段区间车的折返站之一。
- 苗栗客运：由苗栗客运苗栗总站管理；苗栗客运车辆支援电子票证，设有多卡通装置，可使用悠游卡、一卡通、icash2.0等电子票证。
- 大甲线、三湖线、弯瓦线、部分后龙线，由台铁苗栗车站前的苗栗客运苗栗火车站站牌发车，车辆均会停靠大同国小斜对面的苗栗站。
- 5801 苗栗－头屋－明德－大坪－头份－顶大埔－新竹（部分班次头份止）
- 5803 苗栗－造桥－头份－竹南－新竹
- 5814 苗栗－总站－国立联合大学－铜锣－通霄－苑里－大甲
- 5815 苗栗－总站－国立联合大学－五湖－三湖－弯瓦
- 5816 苗栗－田寮－仁德医护管理专校－外埔
- 苗栗－头屋－外埔
- 苗栗－育达科技大学
- 亦捷科际：由亦捷科际苗栗站管理。
