- 普悠瑪號
- 北上（順行）停靠：288次
- 南下（逆行）停靠：271次
- 新自強號
- 北上（順行）停靠：472、280、108、168次
- 南下（逆行）停靠：161、117、477、283次
- 自強號、區間快車、區間車：皆停靠
部份北段區間車的折返站之一。
- 苗栗客運：由苗栗客運苗栗總站管理；苗栗客運車輛支援電子票證，設有多卡通裝置，可使用悠遊卡、一卡通、icash2.0等電子票證。
- 大甲線、三湖線、彎瓦線、部分後龍線，由臺鐵苗栗車站前的苗栗客運苗栗火車站站牌發車，車輛均會停靠大同國小斜對面的苗栗站。
- 5801 苗栗－頭屋－明德－大坪－頭份－頂大埔－新竹（部份班次頭份止）
- 5803 苗栗－造橋－頭份－竹南－新竹
- 5814 苗栗－總站－國立聯合大學－銅鑼－通霄－苑裡－大甲
- 5815 苗栗－總站－國立聯合大學－五湖－三湖－彎瓦
- 5816 苗栗－田寮－仁德醫護管理專校－外埔
- 苗栗－頭屋－外埔
- 苗栗－育達科技大學
- 亦捷科際：由亦捷科際苗栗站管理。
